Die Abteilung Mittlere Geschichte deckt in der Forschung das Mittelalter in ganzer Breite ab. Im frühen Mittelalter steht die Karolingerzeit und ihr Urkundenwesen im Fokus, aktuell etwa die „Kanzlei Karls des Großen“ sowie die urkundliche Überlieferung des 9. Jahrhunderts in Deutschland und Österreich im Rahmen der Chartae Latinae Antiquiores. Im hohen Mittelalter beschäftigen wir uns mit der Stauferzeit, hier wird die Edition der Diplome Heinrichs (VII.) für die MGH-Diplomata vorbereitet. Im Spätmittelalter stehen Fragen der Kommunikation und des Schriftgebrauchs, die materiale Kultur, die kulturgeschichtlich ausgerichtete Adels- und Burgengeschichte und die Vergleichende Städtegeschichte im Fokus. Die Edition der ältesten lippischen Rechnungen steht vor dem Abschluss. Räumliche Schwerpunkte liegen in Westfalen, dem Rheinland, Südwestdeutschland, Tirol, Savoyen und dem östlichen Oberitalien.
Die Abteilung legt in diesem Zusammenhang besonderen Wert auf die Historischen Hilfswissenschaften, allen voran Diplomatik und Paläographie, im Speziellen die Erschließung von Urkunden, Rechnungen, Briefen und mittelalterlicher Buchmakulatur. Die theoretische Fundierung der Hilfswissenschaften wird vor allem in der Forschungsgeschichte von Diplomatik und Paläographie sowie dem Themenbereich „Materialität und Überlieferung“ gesucht.